El área del complejo cultural Casa Gaitán se caracteriza geológicamente por presentar una capa gruesa de relleno que puede alcanzar 1,5 mts de espesor, seguida por una alternancia de capas limosas y limo arenosas hasta aproximadamente 4,5 mts de profundidad. A la base se presenta una diferencia notable en el sector norte respecto al sector sur, donde puede apreciarse un lente de arcilla con contenido orgánico significativo que tiene continuidad en dirección oeste, y que se limita en dirección sur contra depósitos arenosos y gravosos.
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