Las unidades litológicas que afloran en el Museo Paleontológico son sedimentarias y corresponden a secuencias estratigráficas de ambiente marino. En el área afloran principalmente los depósitos de la Formación Paja (Kimp), ubicados sobre el flanco este del Anticlinal de Arcabuco. Además se presentan depósitos Cuaternarios de tipo aluvial, conformados por gravas subredondeadas, arenas y lodos que han transportado antiguos cauces.
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