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Los predios de la Sede Bogotá, de la Universidad Nacional de Colombia, se encuentran ubicados en tres provincias fisiográficas en la cordillera Oriental de los Andes colombianos: La Sabana de Bogotá, el piedemonte llanero y la Provincia de Ricaurte en el Departamento de Boyacá. Estas provincias cuentan con características físico-ambientales diferenciables que condicionan las características naturales en cada predio. El área Geográfica de la Sede hace parte de los departamentos de Cundinamarca, Meta y Boyacá.
La Universidad Nacional de Colombia, Sede Bogotá está conformada por 33 predios, que han sido agrupados en 13 predios de acuerdo con su cercanía geográfica, fisiografía, aspectos ambientales y funcionalidad, facilitando su caracterización, análisis y planificación ambiental. Fisiográficamente estos predios hacen parte de tres provincias así: Sabana de Bogotá, Provincia de Ricaurte y Piedemonte Llanero.
La sabana de Bogotá se localiza en la parte central de la Cordillera Oriental de los andes colombianos formando un altiplano, en el centro del departamento de Cundinamarca. Hace parte de la cuenca alta del río Bogotá. Presenta una altitud promedio de 2.600 m.s.n.m. en la zona plana. En esta unidad fisiográfica se localizan los predios de Ciudad Universitaria, Hospital universitario, Campus Santa Rosa, Complejo Cultural Casa Gaitán, Casa Calle 60, Edificio las Nieves, Claustro San Agustín, Observatorio Astronómico Nacional, Cerro Alto del Cable, La Esperanza y Centro Agropecuario Marengo.
La provincia de Ricaurte, se caracteriza por un relieve de colinas y montañas que se presenta en gran parte erosionado. Hace parte del Departamento de Boyacá. En esta provincia se encuentra el predio del Museo Paleontológico, en la zona rural del municipio de Villa de Leyva.
La provincia del Piedemonte Llanero, se caracteriza por tener relieves de colinas, cerros, abanicos y laderas inclinadas, con climas cálidos húmedos de alta pluviosidad y humedad relativa. En esta provincia se localiza el predio de la Estación de Biología Tropical Roberto Franco (EBTRF), en la zona urbana de la ciudad de Villavicencio del departamento del Meta.